Mata kuliah pendidikan agama Islam bertujuan untuk mewujudkan mahasiswa yang beriman, bertakwa dan berakhlak mulia maka mata kuliah pendidikan agama Islam mengorganisir beberapa substansi materi yaitu: mengapa dan bagaimana PAI diajarkan di Perguruan Tinggi untuk mengembangkan manusia seutuhnya dan sebagai sarjana muslim yang profesional. Bagaimana esensi dan urgensi bertuhan, sebagai determinan dalam pembangunan manusia beriman dan bertakwa kepada Alloh Swt yang bersumber dari Alquran dan As-Sunnah. Bagaimana agama Islam dapat menjamin kebahagiaan dunia dan akhirat, dalam konteks kehidupan modern yang cenderung pada kehidupan materialistik dan hedonistik. Bagaimana mengintegrasikan iman, Islam, dan ihsan dalam membentuk manusia sutuhnya (insan kamil). Bagaimana membangun paradigma qurani dalam membangun perkembangan sains dan teknologi modern yang sangat maju/cepat. Bagaimana membumikan Islam di Indonesia agar Islam dirasakan sebagai kebutuhan hidup bukan sebagai beban hidup dan kewajiban semata. Bagaimana Islam membangun persatuan dalam keberagaman yang dinamis dan kompleks dalam kontek kehidupan sosial budaya Indonesia yang plural. Bagaimana Islam menghadapi tantangan modernisasi untuk menunjukkan kompatibilitas Islam dengan dunia modern saat ini. Bagaimana konstribusi Islam dalam pengembangan peradaban dunia yang damai, bersahabat, dan sejahtera lahir dan batin secara bersama-sama. Bagaimana peran masjid dalam membangun umat yang religius-spiritualistis, sehat rohani dan jasmani, cerdas (emosional, intelektual, dan spiritual) dan sejahtera. Melalui konsep zakat dan pajak dalam Islam menyadarkan bahwa pajak merupakan salah bentuk kewajiban setiap warga negara. Selanjutnya bagaimana implementasi Islam yang rahmatan lil ‘alamin sebgai rangkuman dan evaluasi keseluruhan proses pembelajaran PAI.